《Nature》子刊提出AI病理診斷解釋方案,或解決人工智能CFDA三類(lèi)申報(bào)獲批關(guān)鍵難點(diǎn)
深度卷積神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)(CNNs)已在實(shí)踐中被證明是一種可以輔助生物醫(yī)學(xué)圖像診斷的技術(shù),并已廣泛運(yùn)用于肺結(jié)節(jié)、眼底等放射影像識(shí)別。近日,病理領(lǐng)域的AI研究也有了新的進(jìn)展。
2019年5月,國(guó)內(nèi)楊林團(tuán)隊(duì)的論文《Pathologist-level Interpretable Whole-slide Cancer Diagnosis with Deep Learning》 被《Nature Machine Intelligence》收錄,該論文提出了一項(xiàng)用于A(yíng)I病理診斷解釋的方案。
在文章所描述的實(shí)驗(yàn)之中,研究人員運(yùn)用AI技術(shù)對(duì)病理切片進(jìn)行分析處理,并同時(shí)給出AI分析的依據(jù)。這是全球首篇發(fā)表在自然子刊上的關(guān)于討論病理圖像分析中的人工智能可解釋性問(wèn)題的專(zhuān)著。
通過(guò)實(shí)驗(yàn)所設(shè)計(jì)的方法,人工智能開(kāi)始“理解”醫(yī)生的邏輯,并嘗試模仿人類(lèi)醫(yī)生,給出診斷依據(jù)。對(duì)此,動(dòng)脈網(wǎng)采訪(fǎng)了論文通訊作者楊林教授,并結(jié)合論文內(nèi)容,嘗試梳理出論文的邏輯及背后的深刻價(jià)值。
病理痛局推動(dòng)科研發(fā)展
病理科被“現(xiàn)代醫(yī)學(xué)之父”威廉·奧斯勒稱(chēng)為“醫(yī)學(xué)之本”,而病理醫(yī)生被認(rèn)為是醫(yī)生的醫(yī)生。病理科的含金量自然不言而喻,其診斷的準(zhǔn)確與否直接影響患者的健康和命運(yùn)。
然而,據(jù)國(guó)家衛(wèi)生和計(jì)劃生育委員會(huì)2015年數(shù)據(jù)顯示,全國(guó)僅有9841名有資質(zhì)的病理醫(yī)生。這個(gè)數(shù)字與我國(guó)人口總量之比約為1:140000,與注冊(cè)醫(yī)師之比約為1:250。簡(jiǎn)單的說(shuō):每個(gè)病理醫(yī)生都承擔(dān)了 5-10 倍的常規(guī)工作量,許多病理醫(yī)生都在超負(fù)荷地進(jìn)行日趨復(fù)雜的高強(qiáng)度工作,誤診、漏診時(shí)有發(fā)生。
制約病理醫(yī)生資源發(fā)展的因素不僅僅是龐大的工作量、工作環(huán)境差、收入待遇低、培養(yǎng)周期長(zhǎng)等因素嚴(yán)重影響了病理教學(xué)師資。病理醫(yī)師新生力量呈現(xiàn)“斷崖式”短缺。
AI技術(shù)的出現(xiàn)或許可以解決這個(gè)問(wèn)題。有深度學(xué)習(xí)支撐的人工智能能夠以迅速、標(biāo)準(zhǔn)化的方式處理醫(yī)學(xué)影像,對(duì)可疑影像進(jìn)行勾畫(huà)、渲染,并以結(jié)構(gòu)化的語(yǔ)言提出建議。
這些工作精力消耗大,重復(fù)性高,而AI不受制于工作性質(zhì)。實(shí)踐證明,在A(yíng)I的幫助下,病理醫(yī)生不僅可以提高診斷效率、減輕工作量;還能提高工作強(qiáng)度,改善病理醫(yī)生工作環(huán)境,最終降低誤診、漏診率。
痛點(diǎn)確乎推進(jìn)了科學(xué)研究的發(fā)展,但在A(yíng)I輔助診斷被真正施于應(yīng)用時(shí),種種問(wèn)題隨之而來(lái)。
質(zhì)疑之聲中最為清晰而難以回答的便是以下兩個(gè)問(wèn)題:AI是如何完成判讀?它對(duì)于切片的分析是否有依據(jù)?事實(shí)也是如此,如果這個(gè)問(wèn)題得不到解決,病理醫(yī)生與CFDA監(jiān)管部門(mén)難以認(rèn)可AI的判讀結(jié)果——概率云并非一個(gè)合理的依據(jù)。鑒于此,楊林團(tuán)隊(duì)開(kāi)始了本次研究,用以解決AI病理診斷的可行性與可解釋性。
實(shí)驗(yàn)條件下,AI可大幅度提升CAD準(zhǔn)確率
為了探尋AI輔助診斷過(guò)程中的可解釋性問(wèn)題,研究團(tuán)隊(duì)以膀胱癌患者的病理切片為研究對(duì)象,在保證AI分析切片準(zhǔn)確率的同時(shí),通過(guò)構(gòu)建全新網(wǎng)絡(luò)架構(gòu),達(dá)到令該系統(tǒng)能針對(duì)診斷區(qū)域自動(dòng)輸出文字的效果,而這些文字可表明系統(tǒng)的診斷依據(jù)。
對(duì)此,研究團(tuán)隊(duì)設(shè)計(jì)了一個(gè)包含掃描器網(wǎng)絡(luò)(s-net),診斷器網(wǎng)絡(luò)(d-net)和聚合器網(wǎng)絡(luò)(a-net)三個(gè)模塊的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)。這三個(gè)模塊分別在系統(tǒng)之中起到分析圖像、文字表達(dá)、信息整合輸出的作用,共同發(fā)揮了腫瘤檢測(cè)與細(xì)胞表征提取的作用。
掃描器網(wǎng)絡(luò)(s-net)的核心是多模態(tài)CNN,這是一種特殊的深層的神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)模型,它的特殊性體現(xiàn)在兩個(gè)方面,一方面它的神經(jīng)元的連接是非全連接的,另一方面同一層中某些神經(jīng)元之間的連接的權(quán)重是共享的。它的非全連接和權(quán)值共享的網(wǎng)絡(luò)結(jié)構(gòu)使之更類(lèi)似于生物神經(jīng)網(wǎng)絡(luò),降低了網(wǎng)絡(luò)模型的復(fù)雜度,減少了權(quán)值的數(shù)量。
診斷器網(wǎng)絡(luò)(d-net)作用于每個(gè)勾畫(huà)ROI(感興趣區(qū)域,region of interest,AI框選出的需要關(guān)注的區(qū)域),分析病理特征并顯示特征感知網(wǎng)絡(luò),以嘗試解釋每個(gè)ROI的勾畫(huà)原理,以及解釋診斷器網(wǎng)絡(luò)在描述觀(guān)察時(shí)所看到的內(nèi)容,最終將分析流程及結(jié)果轉(zhuǎn)化為文字。
簡(jiǎn)而言之,d-net的作用就是生成解釋性的內(nèi)容,告訴人類(lèi)AI為什么框選出這些ROI,以及AI對(duì)單個(gè)ROI如何做的判斷。
聚合器網(wǎng)絡(luò)(a-net)則將掃描器網(wǎng)絡(luò)與診斷器網(wǎng)絡(luò)生成的信息進(jìn)行集合處理,集成所有特征,并生成與影像相匹配的診斷結(jié)果。
通過(guò)逐塊掃描病理圖片,三個(gè)模塊從圖片像素中提取與數(shù)據(jù)庫(kù)對(duì)應(yīng)的有效像素并進(jìn)行識(shí)別,最后轉(zhuǎn)化為可處理文本數(shù)據(jù),再使系統(tǒng)建立起文本與圖像之間的直接聯(lián)系。
診斷器網(wǎng)絡(luò)在數(shù)據(jù)格式轉(zhuǎn)化的同時(shí),系統(tǒng)將運(yùn)用NLP生成包含診斷組織細(xì)胞和細(xì)胞核特征的語(yǔ)言描述,匹配病理學(xué)家的操作方式,其生成的表述結(jié)構(gòu)符合臨床病理學(xué)報(bào)告標(biāo)準(zhǔn)。因此,這種方式可視為對(duì)人工智能診斷過(guò)程的解釋。
病理學(xué)家在實(shí)驗(yàn)之中起到了重要的作用。當(dāng)病理學(xué)家對(duì)病理切片進(jìn)行處理時(shí),系統(tǒng)將捕獲病理學(xué)家的操作過(guò)程,如點(diǎn)擊圖像的位置,并將操作、醫(yī)學(xué)語(yǔ)言與系統(tǒng)語(yǔ)言相結(jié)合,這構(gòu)成了系統(tǒng)的運(yùn)行和分析的邏輯的基礎(chǔ)。
最終,系統(tǒng)能夠通過(guò)其文本和視覺(jué)輸出明確地解釋其分析過(guò)程,并向病理學(xué)家提供直接證據(jù)(即第二意見(jiàn))以供審查和目視檢查,從而幫助降低病理學(xué)家臨床決策中的主觀(guān)性差異。
本次實(shí)驗(yàn)用了怎樣的樣本?
本次實(shí)驗(yàn)總計(jì)采用了近千名膀胱癌患者的尿路上皮癌切片數(shù)據(jù),整個(gè)數(shù)據(jù)集分為620個(gè)用于訓(xùn)練的病理切片,193個(gè)用于驗(yàn)證的病理切片和100個(gè)用于測(cè)試的病理片。
從形態(tài)上看,該數(shù)據(jù)集包括102例非侵入性低級(jí)別乳頭狀尿路上皮癌以及811例非侵入性或侵入性高級(jí)別乳頭狀尿路上皮癌。這些數(shù)據(jù)經(jīng)過(guò)了多位病理學(xué)家的嚴(yán)格診斷,且去除了低質(zhì)量的切片。
為了評(píng)估神經(jīng)網(wǎng)絡(luò)系統(tǒng)的效果,21名泌尿生殖病理學(xué)家參與了數(shù)據(jù)注釋和診斷性能評(píng)估。經(jīng)過(guò)大約近兩年的努力,病理學(xué)家使用研究人員開(kāi)發(fā)的基于Web的注釋程序?qū)?shù)據(jù)進(jìn)行了集體清理和手動(dòng)注釋。
通過(guò)將該系統(tǒng)的測(cè)試結(jié)果與病理學(xué)家的常規(guī)檢查進(jìn)行了比較,結(jié)果顯示,該系統(tǒng)實(shí)現(xiàn)了97%的曲線(xiàn)下面積(AUC)評(píng)分,其表現(xiàn)優(yōu)于大多數(shù)進(jìn)行比較的病理學(xué)家。
此外,當(dāng)使用混淆矩陣進(jìn)行比較(圖e,f)時(shí),結(jié)果顯示系統(tǒng)的平均準(zhǔn)確度為94.6%,而病理學(xué)家的平均準(zhǔn)確度為84.3%。
實(shí)際上,統(tǒng)計(jì)結(jié)果還表明,病理醫(yī)生對(duì)于部分類(lèi)型的前列腺癌的診斷一致率不足50%。因此僅從數(shù)據(jù)上看的話(huà),此次論文中所提出的AI系統(tǒng),在準(zhǔn)確率和一致性上都有較好的表現(xiàn)。

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